Jagiellonka, czyli Biblioteka Jagiellońska to jedna z najstarszych bibliotek w Polsce, której początki sięgają erekcji samego uniwersytetu, czyli 1364 r. i czasów króla Kazimierza Wielkiego. W jej zbiorach przechowywane są m.in. kodeksy z XIV w. Pierwszy zasób pochodził z darów profesorów i uczniów uczelni. Największy zbiór, zawierający dzieła głównie z zakresu teologii i sztuk wyzwolonych, znajdował się w Collegium Maius. W tym budynku przeznaczono na księgozbiór specjalną salę, zwaną Salą Obiedzińskiego. Do 1940 r. w Collegium Maius znajdowała się główna siedziba biblioteki. Dzięki działalności Komisji Edukacji Narodowej i zaangażowaniu Hugona Kołłątaja połączono rozproszone zbiory biblioteczne różnych wydziałów i utworzono jedną, ogólnouniwersytecką bibliotekę o publicznym charakterze. Zbiór zawierał wówczas 1926 rękopisów oraz 32 tys. woluminów.
Kolejny czas rozkwitu Jagiellonki wiązał się z osobą i działalnością Karola Estreichera, twórcy Bibliografii Polskiej, który pilnował, by do biblioteki trafiały druki wydawane po polsku. W 1931 r. rozpoczęła się budowa nowego, większego gmachu, przy al. Mickiewicza. Przed wybuchem wojny zdążono przenieść zbiory, ale uroczystego otwarcia dokonali już Niemcy, którzy przemianowali Jagiellonkę na Staatsbibliothek Krakau. Jako ciekawostkę z dziejów obrzydliwej propagandy podajmy cytat z „Krakuer Zeitung” z 2 lutego 1941 r. W artykule o bibliotece opisywana jest jej polska historia. „Uniwersytet krakowski, który został założony wkrótce po Praskim nie posiadał na początku żadnej specjalnej biblioteki; więcej, biblioteka składała się z niewielkich zbiorów ksiąg poszczególnych fakultetów i innych księgozbiorów. Z roku 1429 pochodzi pierwsza informacja o Bibliotece Jagiellońskiej. Przeżyła ona rozkwit razem z Uniwersytetem w okresie początkowego Humanizmu (Renesansu), w którym to Uniwersytet Krakowski zyskał wielką sławę. Kopernik i Konrad Celtis z Würzburga mieszkali jakiś czas w Krakowie. Biblioteka była pod silnym wpływem niemieckiej literatury. Powodem tego było to,
że pierwsi drukarze w Krakowie byli Niemcami. Przecież druk wynaleziony został w Niemczech. Dopiero w połowie 16 wieku podjęli swoją działalność polscy drukarze. Po przenosinach królów z Krakowa do Warszawy, Uniwersytet stracił swoje znaczenie, a i również Biblioteka Jagiellońska przeżywała okres upadku. Dopiero w czasach austriackich ożywił się znowu. Ślady zarządu austriackiego znajdują się jeszcze dzisiaj w kartotekach i spisach. Podczas dwudziestu lat polskich rządów sprawy biblioteki w Krakowie nie uzyskały specjalnego wsparcia. Tylko jednego dokonało polskie państwo. Rozpoczęło ono budowę nowego gmachu biblioteki w Krakowie. Dopiero dziś może on ukazać swoje znaczenie, po tym jak zakończony został pod zarządem niemieckim. Gmach ten, bez wątpienia, ma bardziej znaczący, realny cel, niż mógł mieć za polskich czasów”. Otwarcie biblioteki w wersji niemieckiej odbyło się 5 kwietnia 1941 r.,
a „uświetnił” je gubernator Hans Frank, ten sam, który na swe lokum w Krakowie wybrał Wawel oraz Otto von Wächter – odpowiedzialny za eksterminację ludności żydowskiej na terenie podległych sobie dystryktów GG, a także za kradzieże i wywóz
bezcennych polskich dóbr kultury. Przy okazji zorganizowano również wystawę o Hitlerjugend.
Po II wojnie światowej Biblioteka Jagiellońska zyskała status biblioteki narodowej, a tym samym musiały do niej trafiać po dwa egzemplarze każdego wydanego druku. Rozrastające się zbiory wymusiły kolejne rozbudowy, a od lat 90. zaczęto komputeryzować zasób.
Do najcenniejszych rękopisów, których łącznie jest w BJ ponad 28 tys., należą: Pontyfikał XI/XII w., Bogurodzica, Banderia Prutenorum Długosza, Kodeks Baltazara Behema, De revolutioniubus Kopernika, rękopis „Wesela” Wyspiańskiego.
Prócz cennych rękopisów BJ strzeże innych skarbów, w tym ponad 100 tys. starodruków (samych inkunabułów ponad 3,5 tys.), cenne zbiory kartograficzne, grafiki, muzykalia (w tym rękopisy Chopina i Paderewskiego), wydawnictwa drugiego obiegu,
a wśród dzieł sztuki znajdują się m.in. „Faust” Rembrandta.
W 1999 r. doszło do odkrycia, że z działów inkunabułów i starych druków ukradziono bezcenne dzieła Galileusza, Keplera, Plauta i Bessariona oraz Kosmografię Ptolemeusza. Część z nich udało się odzyskać, gdy ujawniono ich obecność w niemieckim domu aukcyjnym Reiss&Sohn, jednak sprawców nie udało się namierzyć. Rękopis Galileusza zdążył już zmienić właściciela i być sprzedany w Christie’s , na szczęście nabywca dobrowolnie oddał swój zakup. Łupem złodziei padło 59 tomów, a ich los w większości pozostaje nieznany.
Kradzież spowodowała wprowadzenie nowoczesnych metod bezpieczeństwa w bibliotece.
Obecnie kubatura połączonego gmachu Biblioteki wynosi 145 248 m³, powierzchnia użytkowa 32 891 m², a pomieszczenia biblioteczne zajmują 27 287 m². Biblioteka wyposażona jest w 10 czytelni ogólnych i specjalistycznych, salę katalogów, wypożyczalnię, magazyny biblioteczne, dwie sale wystawowe oraz salę konferencyjną.
